Mnoge organizacije imajo občutek, da je izračun ogljičnega odtisa zelo zahteven predvsem zaradi podatkov. V praksi pa je največji izziv pogosto organizacijski: kdo zbira podatke, iz katerih virov, kako so zapisane predpostavke in katera področja imajo prednost.

Zanesljiv izračun ogljičnega odtisa se ne začne v programski opremi, temveč v organizaciji dela. Najprej je treba določiti, katere dele organizacije izračun zajema, za katero obdobje se podatki zbirajo in kdo je odgovoren za posamezne sklope. Brez tega hitro pride do podvajanj, manjkajočih evidenc ali nejasnih interpretacij.

Praktičen pristop je, da organizacija najprej pripravi seznam glavnih podatkovnih virov. To so lahko računi za elektriko, toploto in goriva, evidence službenih vozil, nabavne evidence, podatki o odpadkih, evidence porabe medicinskih plinov, podatki zunanjih izvajalcev in drugi razpoložljivi viri. Že v tej fazi je koristno vedeti, katera področja bodo verjetno imela največji vpliv, saj se tako čas in trud usmerita tja, kjer prineseta največ koristi.

Pri tem je pomembno razlikovati med bolj neposrednimi, organizaciji specifičnimi podatki in bolj splošnimi sekundarnimi podatki. Oba tipa imata svojo vlogo. V začetni fazi lahko organizacija uporabi širše dostopne podatke in povprečne emisijske faktorje, nato pa za najpomembnejša področja postopoma preide na bolj natančne podatke. Tak razvojni pristop je realen, metodološko smiseln in v praksi veliko bolj uporaben kot čakanje na popolne podatke.

Enako pomembna je dokumentacija. Če neka ocena temelji na predpostavki, naj bo to jasno zapisano. Če se podatki črpajo iz več virov, naj bo razvidno, kako so bili usklajeni. Prav ta preglednost omogoča, da izračun ni enkraten projekt, temveč osnova za dolgoročno spremljanje in izboljševanje.